En la actualidad, el Centro Nacional de Alimentación es laboratorio nacional de referencia para:

• Zoonosis transmitidas por alimentos:
  • Salmonella en alimentos
  • Listeria monocytogenes en alimentos
  • Estafilococos coagulasa positivos en alimentos, incluido Staphylococcus aureus
  • Escherichia coli en alimentos, incluida E. coli verotoxigénica (STEC)
  • Campylobacter en alimentos
  • Parásitos en alimentos (Thichinella y Anisakis)
  • Virus transmitidos por alimentos
• Resistencia a los antibióticos en alimentos
• Organismos modificados genéticamente (OMG)
• Materiales destinados a entrar en contacto con los productos alimenticios
• Micotoxinas y toxinas de plantas en alimentos
• Contaminantes del procesado en alimentos
• Residuos de plaguicidas en:
  • Alimentos de origen animal y productos con elevado contenido de grasa
  • Métodos para residuo único
• Residuos de sustancias farmacológicamente activas en alimentos de origen animal y matrices relacionadas (orina, pelo, agua de bebida y piensos para animales, etc.) para los siguientes grupos, según el Reglamento Delegado (UE) 2022/1644:
  • Grupos A1a, A1c, A1d, A3e y B1d – corticosteroides
  • Grupos A2a, A2b, A2d dapsona, A3a, A3b –biocidas-, A3c y B1a
  • Grupos A1e, A3b –excepto bencimidazoles y antiparasitarios- y B1b – Insecticidas y fungicidas-

El CNA también realiza las funciones de LNR para alérgenos y alimentos irradiados.