En la actualidad el Centro Nacional de Alimentación, de acuerdo con la legislación comunitaria, ostenta ser Laboratorio Nacional de Referencia para:

• Análisis y ensayo de zoonosis trasmisibles por alimentos:
  • Salmonella en alimentos
  • Listeria monocytogenes en alimentos
  • Estifolococos coagulasa positivos en alimentos, incluidos Staphylococcus aureus
  • Escherichia coli en alimentos, (E. coli O:157)
  • Campylobacter en alimentos
  • Parásitos en alimentos (Thichinella y Anisakis)
  • Virus transmisibles por alimentos
• Resistencia a los antibióticos en alimentos
• Residuos de medicamentos veterinarios y contaminantes en alimentos de origen animal: Grupo A1, A3, A4, B2f -corticoides- y grupo B3d) de la Directiva 96/23/CE.
• Residuos de medicamentos veterinarios y contaminantes en alimentos de origen animal: Grupo A6 -cloranfenicol, nitrofuranos y dapsona-, B1, B2f -carbadox y olaquindox-, y B3e de la Directiva 96/23/CE.
• Residuos de medicamentos veterinarios y contaminantes en alimentos de origen animal: Grupo A5 de la Directiva 96/23/CE.
• Organismos modificados genéticamente (OMG)
• Materiales destinados a entrar en contacto con los productos alimenticios.
• Residuos de plaguicidas: cereales y piensos
• Residuos de plaguicidas: alimentos de origen animal y productos con elevado contenido en grasa (productos de consumo)
• Residuos de plaguicidas: en frutas y hortalizas, incluidos productos con elevado contenido en agua y de ácido (productos de consumo)
• Micotoxinas y toxinas de plantas en alimentos
• Contaminantes del procesado en alimentos
• Alimentos irradiados
• Alérgenos en alimentos