El CNA actúa como Laboratorio Nacional de Referencia (LNR) para 20 de las 26 redes actuales de laboratorios de la Unión Europea en el ámbito de Seguridad Alimentaria.

Las responsabilidades y tareas del CNA como laboratorio nacional de referencia se especifican en el Reglamento (UE) 2017/625, artículo 101, y son las siguientes:

• Colaborar con los laboratorios de referencia de la Unión Europea, y participar en los cursos de formación y en los ensayos interlaboratorios comparados que organicen estos laboratorios;
• Coordinar las actividades de los laboratorios oficiales designados de conformidad con el artículo 37, apartado 1, a fin de armonizar y mejorar los métodos de análisis, ensayo o diagnóstico de laboratorio y su utilización;
• Cuando proceda, organizar ensayos interlaboratorios comparados o ensayos de aptitud entre los laboratorios oficiales, garantizar un seguimiento apropiado de dichos ensayos e informar a las autoridades competentes de los resultados de dichos controles y seguimiento;
• Velar por que se difunda a las autoridades competentes y a los laboratorios oficiales la información que aporte el laboratorio de referencia de la Unión Europea;
• Proporcionar, dentro del ámbito de su misión, asistencia científica y técnica a las autoridades competentes para la aplicación de los PNCPA contemplados en el artículo 109 y de los programas coordinados de control que se adopten de conformidad con el artículo 112;
• Cuando sea pertinente, validar los reactivos y lotes de reactivos, establecer y mantener actualizadas listas de sustancias y reactivos de referencia disponibles y de fabricantes y proveedores de dichas sustancias y reactivos;
• Cuando sea necesario, impartir cursos de formación para el personal de los laboratorios oficiales designados con arreglo al artículo 37, apartado 1, y
• Asistir activamente al Estado miembro que los haya designado en el diagnóstico de los brotes de enfermedades de origen alimentario, zoonosis o enfermedades de los animales, o de plagas de vegetales, y en caso de partidas no conformes, mediante la realización de diagnósticos de confirmación y estudios de caracterización y epizoóticos o taxonómicos con cepas patógenas aisladas o muestras de plagas.