Se instauraron en el año 2007 (Orden SCO/2647/2007, de 28 de agosto - B.O.E. nº 221, de 14 de septiembre de 2007), con la convocatoria de la primera edición en la que se establecieron siete modalidades de Premios para diferentes ámbitos: el Familiar y Comunitario, Escolar, Sanitario, Laboral, y también para la Iniciativa Empresarial, la Investigación Aplicada y de Especial Reconocimiento. Los Premios Estrategia NAOS se convocan anualmente en el Boletín Oficial del Estado (BOE).

Desde el año 2009, y con el fin de reconocer e identificar específicamente los programas o iniciativas que promocionan la práctica de actividad física, se modificaron las modalidades de premios, y así, las del Ámbito Familiar y Comunitario y la del Ámbito Escolar se desdoblaron en dos modalidades cada una: Premio Estrategia NAOS a la promoción de una alimentación saludable y a la promoción de la práctica de actividad física. Por otro lado, desde ese año también se prescindió de la modalidad de Investigación Aplicada porque existían otros reconocimientos más específicos para el ámbito de la investigación.

Respecto a la modalidad de Premio Estrategia NAOS de Especial Reconocimiento, se concede a los personas o instituciones que han destacado por su trayectoria o por su vinculación y desarrollo profesional en la nutrición, en la  alimentación o en la promoción de la actividad física o el deporte.

Con fecha 4 de abril de 2023 se ha publicado en el BOE una actualización de las bases reguladoras de estos premios. Las características y objetivos de los premios no han cambiado, pero se adaptan las bases reguladoras al nuevo marco normativo. Se ha considerado conveniente además aclarar las características de los premios, que tienen carácter honorífico sin dotación económica, y se ha procedido a revisar procedimiento de convocatoria, instrucción y resolución. Las nuevas bases reguladoras se aplicarán a partir de la convocatoria de 2023.

Para la concesión de los Premios se realiza primero una pre-evaluación de todas las solicitudes presentadas en la Agencia Española Seguridad Alimentaria y Nutrición (AESAN). Esto se hace en base a los criterios de valoración de los premios establecidos en la convocatoria, y entre ellos se eligen a unos finalistas, en un número que varía en función de los presentados para cada modalidad de Premio. Posteriormente estos finalistas, se presentan al Jurado (formado por representantes de diversos sectores) para que se evalúen y designen los que a juicio de los miembros del Jurado, se consideran los ganadores de cada convocatoria y los que serán los accésits. El Jurado con esas designaciones hace una propuesta de Resolución de los Premios Estrategia NAOS, que se eleva a la Presidencia de la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición, que es el órgano competente para la adjudicación, y finalmente es publicada en el BOE.

Los Premios Estrategia NAOS no tienen dotación económica. A cada uno de los ganadores de los Premios Estrategia NAOS se les entrega, de manos del Ministro o Ministra de Consumo correspondiente, un trofeo y diploma acreditativos del premio en un acto que habitualmente se desarrolla durante la Convención NAOS